Après une guerre atomique, l'humanité erre dans un monde post-apocalyptique où la désolation et la violence règnent sans partage. Dans ces terres désolées, de puissants guerriers, détenteurs de techniques de combats ancestrales s'affrontent pour imposer l'avenir de l'espèce humaine.
Kenshirô est l'unique héritier du Hokuto Shinken, un art de combat ultime qu'il met au service des populations opprimées. Une autre école domine, celle du Nanto dont l'héritier proclamé est Souther dit l'Empereur sacré qui assoit sa domination en terrorisant les populations. Pour accomplir sa destinée de sauveur, Kenshirô doit combattre Souther, mais dans l'ombre du destin, un ennemi plus cruel se dresse devant lui, son propre frère Raoh qui revendique dans le sang des innocents le titre d'unique héritier du Hokuto Shinken.