Au 25 siècle, un virus mortel a ravagé la majeure partie de la population mondiale, ne laissant que quelques survivants qui se sont établis dans une ville fortifiée du nom de Bregna. Cette ville est dirigée par un conseil de scientifiques commandé par la famille Goodchild. Mais un groupe de rebelles, les Monican, n'approuve pas la suprématie des Goodchild et décide d'envoyer la redoutable Aeon Flux assassiner leur chef.

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